Die Sammlung des Museums Erding ist ein „kulturelles Gedächtnis“ der Stadt. In ihm werden etwa 60.000 Objekte dauerhaft aufbewahrt (ohne Bildarchiv und archäologische Sammlung). Den Schwerpunkt bilden materielle Zeugnisse zur Stadtgeschichte Erdings, es wurden und werden aber auch ausgewählte Dinge aus dem Landkreis Erding gesammelt. Eine Objektauswahl wird in der Dauerausstellung und in wechselnden Sonderausstellungen präsentiert.

Unter den zahlreichen Objekten befindet sich Schönes und Erbauliches (z. B. Gemälde hiesiger Künstler, Objekte der Kirchenkunst und Volksfrömmigkeit), Großes und Schweres (z. B. spätmittelalterlicher Pfarrschatzschrank, historische Fahrzeuge und Fahrzeugteile), oder gar Schauriges (z. B. ein Hinrichtungsstuhl). Größtenteils sind es jedoch Dinge aus dem Alltagsleben vergangener Zeiten (z. B. Haushaltswaren, Bekleidung, Möbel, Dinge zu Handwerk, Gewerbe und Industrie) sowie Schriftstücke (z.B. Glockengießerkartei von Karl Czudnochowsky) und Bücher. Ein ebenfalls wichtiger Sammlungsbereich ist der Fliegerhorst Erding. Zur Sammlung gehört auch ein umfangreicher Bestand an historischen und gegenwärtigen Fotografien, welche die Geschichte Erdings der letzten 160 Jahre bildlich dokumentiert.

Entsprechenden Raum nimmt die Sammlung der Fundstücke aus Ausgrabungen der Vor- und Frühgeschichte aus über 10.000 Jahren Kulturgeschichte des Erdinger Landes ein. Das Kernstück bildet hier ein umfangreicher Bestand, den Kreisheimatpfleger Eugen Press in den 1950er und 1960er Jahren für die städtische Sammlung zusammengetragen hatte. Die Inventarisation von abertausenden Fundstücken stellt eine große Herausforderung dar (z. B. Steinartefakte, Keramikscherben, Gefäße, Schmuck, Waffen und Werkzeug aber auch konservierte Brunnenhölzer und Bodenproben für weiterführende naturwissenschaftliche Untersuchungen).

Die digitale Erschließung der Objekte ist ein zentraler Arbeitsbereich im Museum. Doch vor jedem Objekt(neu)zugang wird gefragt: Warum ist der Gegenstand aufhebenswert? Welche Geschichte(n) und Ereignisse sind damit verknüpft? Welche Erkenntnisse lassen sich gewinnen, auch für nachfolgende Generationen? Welche Objekte benötigen eine Restaurierung, um langfristig erhalten werden zu können?